Čak je i na svojoj samrtnoj postelji, Joe Joseph Jackson bio u centru skandala. Patrijarh glazbene obitelji koju su činili njegovi sinovi Michael, Jermaine, Jackie, Tito i Marlon – poznatiji kao Jackson 5, kao i kći Janet, bio je u posljednjoj fazi raka gušterače kada je njegov sin objavio izjavu u kojoj je otkrio kako članovima obitelji ne dopušta da ga posjete te da nitko nema informacije o njegovom zdravstvenom stanju. Kasnije im je to omogućeno, kao i njegovoj supruzi Katherine, a samo par dana nakon što su doputovali da budu uz njega, Joe Jackson je preminuo.
Joe je dok god je to mogao, štitio nasljeđe svojeg sina Michaela koji se često nalazio na meti optužbi za zlostavljanje djece, svojeg bizarnog stila te naposljetku zbog smrti 2009. nakon slučajnog predoziranja. Još je u veljači branio njegov lik i djelo kada je glazbenik i producent Quincy Jones izjavio kako je Michael Jackson ukrao mnogo pjesama. Joe je tada poručio kako je Jones jednostavno ljubomoran jer nikada nije imao priliku raditi s nekime tko ima toliko talenta.
Sa sinom Michaelom Jacksonom 2005. godine
S jednakim žarom s kojim je branio svojeg sina, Joe Jackson je branio i svoje "odgojne metode". Otac jedanaestero djece je prije pet godina rekao da nimalo ne žali što je svoju djecu tukao i bio jako strog.
- Drago mi je što sam bio grub. Pogledajte što sam dobio od toga – izjavio je tada Joe Jackson o čijim su grubostima progovorila i njegova djeca.
Pjevačica Janet Jackson otkrila je kako ga je cijeli život morala zvati Joseph, a ne tata, te kako ju je jednom istukao kada još nije bila navršila osam godina.
S kćeri Janet Jackson 2000. godine
- Mislim da nam on želi samo dobro. Ne mislim da je način na koji je određene stvari rješavao bio najbolji, ali odradio je posao – izjavila je 2011. godine slavna pjevačica. O tome kako ih je tukao progovorio je i Jermaine Jackson u svojim memoarima iz 2012. godine. On je tada otkrio kako su nakon škole morali vježbati i po pet sati, a ako bi napravili krivi korak u plesnoj rutini, natjerao bi ih da sami nađu šibu s kojom će ih istući. Da odnosi unutar obitelji nisu bili najbolji dodatno je potvrđeno nakon smrti Michaela Jacksona 2009. godine. Naime, Joe je bio izostavljen iz njegove oporuke, a J.Randy Taraborrelli, koji je napisao biografiju Michaela Jacksona, poigrao se s idejom kako se iza plastičnih operacija slavnog pjevača skrivala želja da čim manje nalikuje svojem ocu. Michael je svojeg oca otpustio kao menadžera još 1979. godine, prije izlaska svojih uspješnih albuma "Off the Wall" i "Thriller", a nekoliko godina kasnije od Joea su se distancirala i ostala djeca.
- Uvijek je bio samo rad, rad, rad. Volim svojeg oca, ali ga ne poznajem. Bio je jako grub, samo jedan pogled bi te prepao. Bilo je trenutaka kada bi me samo pogledao, a meni bi postalo mučno - kazao je Michael Jackson početkom devedesetih u intervjuu s Oprah Winfrey. Ipak, Joe Jackson bio je uz Michaela kada mu se sudilo 2005., a jedno od posljednjih pojavljivanja u javnosti bilo mu je na dodjeli BET Awards gdje se Janet Jackson zahvalila svojoj "prekrasnoj majci i prekrasnom ocu".